Fokus utama roadmap FAI UMS adalah pengembangan keilmuan berbasis nilai-nilai ke-Islaman dalam aspek smart city, masyarakat madani, ketahanan pangan, dan keberlanjutan energi. Roadmap penelitian FAI UMS diturunkan dengan perincian berupa Riset Dasar, Riset Terapan, dan Riset Pengembangan pada PS-PAI, PS-HES, PS-IQT, PS-MHES, PS-MPAI dan PS-PDPAI. Roadmap ini sudah sangat sesuai dengan ketersediaan sarana dan prasarana, dan isu-isu strategis di tingkat internasional, nasional, dan lokal.