Program Pascasarjana juga dikenal sebagai Sekolah Pascasarjana UMS berdiri mulai tahun 1996. Berlokasi di Kampus 2 UMS (Pabelan-Kartasura), Pascasarjana didukung oleh letak yang strategis sehingga menjadikan mobilitas mahasiswa Pascasarjana berjalan dengan lancar. Program Magister (S2) di UMS dirancang dengan sesuai kurikulum terbaru dan dapat ditempuh dengan waktu studi selama 4 semester (2 tahun). Besaran biaya kuliah dapat dilihat pada tautan ini.